Friedenweiler wurde erstmals 1123 als „Fridenwilare“ urkundlich erwähnt. Im 14. Jahrhundert gründeten Benediktinerinnen im Ort das Kloster Friedenweiler, das 1570 an die Zisterzienserinnen übergeben wurde. Bereits zu Beginn des Klosterbetriebes stand auf dem heutigen Grund der Klinik eine angegliederte Gastwirtschaft. 1790 wurde das Klosterwirtshaus neu aufgebaut und verpachtet. Dessen ehemaliges Gebäude (erstmals erwähnt im Jahr 1551) war dem verheerenden Brand am 27. März 1725 zum Opfer gefallen, der auch die gesamte Klosteranlage, das Beichtigerhaus und das Gesindehaus zerstört hatte.

Am 4. Oktober 1811 kaufte Lorenz Bär (später schrieb sich die Familie „Baer“), der Schwiegersohn des früheren Pächters, das ehemalige Klosterwirtshaus (das sogenannte Neue Haus) von der fürstlichen Standesherrschaft. Zwischen 1893 und 1953 veranlasste die Familie Baer verschiedene Umbauten am Haus. Nach Erweiterungen und Modernisierungen erfolgte die Umbenennung in „Baer’s Hotel und Kurhaus“. Das Hotel leistete einen großen Beitrag zur touristischen Entwicklung des Ortes Friedenweiler und verfügte bereits 1898 über 120 Betten. In den 1920er Jahren wurde der Fremdenverkehr im ganzen Ort erschlossen. Die Übernachtungszahlen stiegen von 3708 im Jahr 1891 auf 9705 im Jahre 1928. Friedenweiler dürfte somit einer der ältesten Kurorte des Schwarzwaldes sein. Wie mehrsprachige Broschüren um die Jahrhundertwende belegen, zog die mondäne Atmosphäre Gäste aus ganz Europa an. Friedenweiler wurde nicht nur für seine gesunde Höhenluft bekannt, sondern später auch für seine Kneippkuren, die im Jahre 1969 staatlich anerkannt wurden.

Im November 1944 wurden nahezu alle Institute und Kliniken in Freiburg zerstört. Die Hautklinik wurde daraufhin in das Hauptgebäude des Hotels Baer ausgelagert, ein weiteres Gebäude des Hotels, das Tannenheim, nahm die Kinderklinik auf. Mitte 1945 zogen die Kliniken aus, und alliierte Kräfte besetzten das Gebäude. Zwischen 1947 und Ende 1949 diente das Hotel als Sanatorium. Ab 1950 wurde das Hotel wieder von der Familie Baer und später von Pia Fuggenthaler, geb. Baer, und deren Familie geleitet. Nach einigen Instandsetzungsarbeiten wurde der Hotelbetrieb im Februar 1950 wieder aufgenommen. Bereits 1956 hatte Friedenweiler 140.000 Übernachtungen zu verzeichnen. Lange Zeit war der Fremdenverkehr die Existenzgrundlage der Gemeinde. Die Bedeutung des Hotels Baer wird auch bei einem Blick in das Gästebuch deutlich.

So tagte im Juli 1968 Bundeskanzler Kiesinger im Kurhaus Baer, und Bundespräsident Gustav Heinemann traf sich im Grandhotel mit dem Rabbiner Professor Dr. Geis. Neben hochrangigen Politikern kehrte auch die zeitgenössische Prominenz (wie zum Beispiel Götz George, besser bekannt als „Schimanski“) in Baer’s Kurhotel ein.

Bereits Anfang der 60er Jahre war insbesondere das Haus Tannenheim modernisiert und erweitert worden. Neben einem Schwimmbad im Innenbereich, einem Kneipp-Bereich und einer hauseigenen Konditorei standen den Gästen eine Kegelbahn und ein Tennisplatz zur Verfügung.

Ende der 1970er Jahre begannen die Touristenströme andere Wege zu gehen, sodass der Hotelbetrieb 1986 eingestellt werden musste. Mehrere Jahre stand das Haus leer. Ende der 1990er Jahre führte man Teilrenovierungen durch, um eine onkologische Klinik zu etablieren. Doch dieses Geschäftsmodell scheiterte. Erneut kam es zu einem jahrelangen Leerstand, der seine Spuren an dem Gebäude hinterließ.

Im September 2011 eröffnete die Privatklinik Friedenweiler als Akutklinik für Psychiatrie, Psychotherapieund Psychosomatik in dem frisch renovierten Gebäude. Die Klinikbetreiber sahen in den räumlichen Gegebenheiten des ehemaligen Grandhotels und der Landschaft des Hochschwarzwaldes die ideale Voraussetzung für eine vertrauliche Umgebung, die eine individuelle und intensive psychotherapeutische Behandlung ermöglicht. Im ganzheitlichen Friedenweilerkonzept soll das innere Gleichgewicht zwischen Denken, Fühlen, Handeln und Körper wiederhergestellt werden. Hierfür wurden das Hauptgebäude und das Haus Tannenheim saniert, eine neue Frischküche eingebaut und das ehemalige Ökonomiegebäude in ein Therapiegebäude umgewandelt. Innerhalb eines Jahres wurde die Vollbelegung erreicht, sodass mit dem Umbau der Villa Schillingsruh Raum für weitere Ärzte und Psychologen geschaffen werden konnte.

Heute versorgen über 80 festangestellte Mitarbeiter mehr als 60 Patienten, die aus ganz Deutschland anreisen. Die Kernkompetenz der Klinik ist die Therapie von Depression und Burnout, Angst- und Zwangserkrankungen, Traumafolgestörungen, aber auch seltenerer psychischer Erkrankungen, die eine besonders intensive Therapie und Expertise erfordern.